这个包是弃用。它可能会从Bioconductor删除。请参考包临终的指导方针为更多的信息。
这个包是Bioconductor的3.13版本。这个包已经从Bioconductor删除。最后稳定,最新的发布版本,请参阅XBSeq。
Bioconductor版本:3.13
XBSeq我们开发了一种新的算法,建立了一个统计模型基于假设观测信号是真实表达信号的卷积和测序的声音。映射读取non-exonic地区是测序的噪音,它遵循泊松分布。鉴于从RNA-seq数据可以衡量的观察和噪音信号,真实表达信号,假如由负二项分布,可以划定,因此差异表达基因的准确检测。
作者:刘远航
维护人员:远航刘< liuy12 uthscsa.edu >
从内部引用(R,回车引用(“XBSeq”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“XBSeq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
参考手册 |
biocViews | DifferentialExpression,ExperimentalDesign,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 1.24.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.2 (r - 3.2)(6年) |
许可证 | GPL (> = 3) |
取决于 | DESeq2R (> = 3.3) |
进口 | pracma,matrixStats,locfit,ggplot2、方法、Biobase,dplyr,magrittr,咆哮 |
链接 | |
建议 | knitrDESeq,rmarkdown,BiocStyle,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/Liuy12/XBSeq |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | |
Windows二进制 | |
macOS 10.13(高山脉) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/XBSeq |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ XBSeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/XBSeq/ |
包下载报告 | 下载数据 |