VariantTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantTools

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantTools

探索性分析工具变量调用

Bioconductor版本:3.13

探索,诊断,并比较不同调用使用过滤器。

作者:迈克尔·劳伦斯,耶利米Degenhardt,罗伯特先生

维护人员:迈克尔·劳伦斯< michafla gene.com >

从内部引用(R,回车引用(“VariantTools”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VariantTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VariantTools”)

PDF R脚本 介绍VariantTools
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PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneticVariability,遗传学,测序,软件
版本 1.34.0
Bioconductor自 BioC 2.11 (r - 2.15)(9年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 S4Vectors(> = 0.17.33),IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),VariantAnnotation(> = 1.11.16)方法
进口 Rsamtools(> = 1.31.2),BiocGenerics,Biostrings平行,GenomicFeatures(> = 1.31.3),矩阵,rtracklayer(> = 1.39.7),BiocParallel,GenomeInfoDb,BSgenome,Biobase
链接
建议 RUnit,LungCancerLines(> = 0.0.6),RBGL,,gmapR(> = 1.21.3)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 HTSeqGenie,MMAPPR2
建议我 VariantToolsData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 VariantTools_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 VariantTools_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) VariantTools_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantTools
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantTools
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VariantTools/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网