VariantFiltering

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantFiltering

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantFiltering。

过滤的编码和非编码基因变异

Bioconductor版本:3.13

过滤器使用不同标准的遗传变异等遗传模型,氨基酸变化结果,轻微的等位基因频率在人口、强度、剪切位点保护等。

作者:罗伯特Castelo (aut (cre),一些马丁内斯Elurbe[所有],加索尔菲[所有],琼·费尔南德斯(施)

维护人员:罗伯特Castelo <罗伯特。在upf.edu castelo >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VariantFiltering”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“VariantFiltering”)

PDF	R脚本	VariantFiltering:过滤编码和非编码基因变异
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,遗传学,HighThroughputSequencing,Homo_sapiens,单核苷酸多态性,测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.5.0)、方法BiocGenerics(> = 0.25.1),VariantAnnotation(> = 1.13.29)
进口	跑龙套,统计数据,Biobase,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges(> = 2.3.23),RBGL,图,AnnotationDbi,BiocParallel,Biostrings(> = 2.33.11),GenomeInfoDb(> = 1.3.6),GenomicRanges(> = 1.19.13),SummarizedExperiment,GenomicFeatures,Rsamtools(> = 1.17.8),BSgenome,GenomicScores(> = 1.0.0),Gviz,闪亮的,shinythemes,shinyjs,DT,shinyTree
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings
建议	RUnit,BiocStyle,org.Hs.eg.db,BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37,MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5,phastCons100way.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,SIFT.Hsapiens.dbSNP137
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering
BugReports	https://github.com/rcastelo/VariantFiltering/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VariantFiltering_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	VariantFiltering_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	VariantFiltering_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantFiltering
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantFiltering
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantFiltering/
包下载报告	下载数据