VariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅VariantAnnotation。

注释的基因变异

Bioconductor版本:3.13

注释变异,计算编码氨基酸的变化,预测编码的结果。

作者:Bioconductor包维护者(aut (cre),瓦莱丽Oberchain (aut),马丁•摩根(aut)迈克尔·劳伦斯(aut),斯蒂芬妮Gogarten(施)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“VariantAnnotation”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“VariantAnnotation”)

PDF	R脚本	1。介绍VariantAnnotation
PDF	R脚本	2。使用filterVcf从VCF文件选择变异
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		阅读VCF数据

细节

biocViews	注释,DataImport,遗传学,单核苷酸多态性,测序,软件,VariantAnnotation
版本	1.38.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (r - 2.14)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0.0)、方法BiocGenerics(> = 0.37.0),MatrixGenerics,GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.41.5),SummarizedExperiment(> = 1.19.5),Rsamtools(> = 1.99.0)
进口	跑龙套,DBI,zlibbioc,Biobase,S4Vectors(> = 0.27.12),IRanges(> = 2.23.9),XVector(> = 0.29.2),Biostrings(> = 2.57.2),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3)
链接	S4Vectors,IRanges,XVector,Biostrings,Rhtslib
建议	RUnit,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,snpStats,ggplot2,BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
取决于我	注释,cgdv17,CNVrd2,deepSNV,ensemblVEP,genotypeeval,HelloRanges,HTSeqGenie,myvariant,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131,PureCN,R453Plus1Toolbox,RareVariantVis,seqCAT,测序,SIFT.Hsapiens.dbSNP132,SIFT.Hsapiens.dbSNP137,签名者,SomaticSignatures,StructuralVariantAnnotation,VariantFiltering,变体,VariantTools,VariantToolsData
进口我	AllelicImbalance,APAlyzer,appreci8R,BadRegionFinder,BBCAnalyzer,biovizBase,biscuiteer,CNVfilteR,CopyNumberPlots,COSMIC.67,customProDB,DAMEfinder,decompTumor2Sig,DominoEffect,epialleleR,fcScan,GA4GHclient,genbankr,GenomicFiles,GenVisR,ggbio,gmapR,gwascat,gwasurvivr,icetea,igvR,karyoploteR,ldblock,MADSEQ,methyAnalysis,MMAPPR2,motifbreakR,musicatk,MutationalPatterns,scoreInvHap,SigsPack,SNPhood,systemPipeR,TitanCNA,tLOH,TVTB,Uniquorn,VCFArray,XCIR,YAPSA
建议我	AnnotationHub,AshkenazimSonChr21,BiocParallel,cellbaseR,CNVgears,CrispRVariants,GenomicRanges,GenomicScores,GeuvadisTranscriptExpr,GWASTools,omicsPrint,podkat,旅游房车,SeqArray,飞溅,supersigs,trackViewer,三人组,vtpnet
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	VariantAnnotation_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	VariantAnnotation_1.38.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	VariantAnnotation_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantAnnotation
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ VariantAnnotation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/VariantAnnotation/
包下载报告	下载数据