VanillaICE

DOI:10.18129 / B9.bioc.VanillaICE

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见VanillaICE

高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型

Bioconductor版本:3.13

用于表征高通量SNP阵列中染色体改变的隐马尔可夫模型。

作者:Robert Scharpf [aut, cre]

维护者:Robert Scharpf

引文(从R内,输入引用(“VanillaICE”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("VanillaICE")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“VanillaICE”)

PDF R脚本 crlmmDownstream
PDF R脚本 VanillaICE装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariation软件
版本 1.54.0
在Bioconductor BioC 2.1 (R-2.6)(14年)
许可证 LGPL-2
取决于 R (>= 3.5.0),BiocGenerics(> = 0.13.6),GenomicRanges(> = 1.27.6),SummarizedExperiment(> = 1.5.3)更正
进口 MatrixGenericsBiobaseS4Vectors(> = 0.23.18),IRanges(> = 1.14.0),oligoClasses(> = 1.31.1),foreachmatrixStatsdata.table、网格晶格、方法、GenomeInfoDb(> = 1.11.4),crlmm,工具,统计,utils,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18
链接
建议 RUnithuman610quadv1bCrlmm
SystemRequirements
增强了 doMCdoMPIdoSNOWdoParalleldoRedis
URL
全靠我 MinimumDistance
进口我
建议我 oligoClasses
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 VanillaICE_1.54.0.tar.gz
Windows二进制 VanillaICE_1.54.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) VanillaICE_1.54.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VanillaICE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VanillaICE
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VanillaICE/
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