ToPASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.ToPASeq

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此包适用于Bioconductor 3.13版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见ToPASeq．

基于拓扑的RNA-seq数据通路分析

Bioconductor版本:3.13

实现基于拓扑的RNA-seq数据路径分析方法。这包括通路表型关联的拓扑分析(TAPPA;高和王，2007)，通路富集分析(PWEA;Hung等人，2010)，以及通路调节评分(PRS;易卜拉欣等人，2012)。

作者:Ivana Ihnatova, Eva Budinska, Ludwig Geistlinger

维护者:Ivana Ihnatova < Ihnatova at iba. munia .cz>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ToPASeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，软件，可视化
版本	1.26.0
在Bioconductor	bio3.0 (R-3.1)(7年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，石墨
进口	Rcpp，图、方法、Biobase，RBGL，SummarizedExperiment，gRbase，limma，corpcor
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，气道，knitr，rmarkdown，DESeq2DESeq,刨边机，plotrix，breastCancerVDX，EnrichmentBrowser
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ToPASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ToPASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ToPASeq/
软件包下载报告	下载数据