TFEA.ChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.TFEA.ChIP

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TFEA.ChIP。

分析转录因子浓缩

Bioconductor版本:3.13

包分析转录因子浓缩在一组基因利用ChIP-Seq实验数据。

作者:劳拉朋地Santamaria, Luis del比索

维护人员:劳拉朋地Santamaria < lpsantamaria在iib.uam.es >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TFEA.ChIP”)

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文档

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browseVignettes (“TFEA.ChIP”)

HTML	R脚本	TFEA.ChIP: a tool kit for transcription factor enrichment
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录,转录组
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3)
进口	GenomicRanges,IRanges,biomaRt,GenomicFeaturesgrDevices,dplyr,统计,跑龙套,R.utils、方法、org.Hs.eg.db
链接
建议	knitr,rmarkdown,S4Vectors,情节,尺度,tidyr,ggplot2,GSEABase,DESeq2,BiocGenerics,ggrepel,rcompanion,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TFEA.ChIP_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	TFEA.ChIP_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	TFEA.ChIP_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TFEA.ChIP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TFEA.ChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TFEA.ChIP/
包下载报告	下载数据