此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见TEQC.
Bioconductor版本:3.13
目标捕获实验结合了基于杂交的(在溶液中或微阵列上)捕获和富集感兴趣的基因组区域(例如外显子组),并对捕获的DNA片段进行高通量测序。该包提供了用于评估和可视化目标富集过程质量的功能,如捕获的特异性和敏感性,每个目标读取覆盖率等等。
作者:M. Hummel, S. Bonnin, E. Lowy, G. Roma
维护者:Sarah Bonnin
引文(从R内,输入引用(“TEQC”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("TEQC")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“TEQC”)
R脚本 | TEQC | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 遗传学,微阵列,质量控制,测序,软件 |
版本 | 4.14.0 |
在Bioconductor | BioC 2.8 (R-2.13)(10.5年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | 方法,BiocGenerics(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.13.5),Rsamtools,hwriter |
进口 | Biobase(> = 2.15.1) |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | TEQC_4.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | TEQC_4.14.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | TEQC_4.14.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TEQC |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TEQC |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/TEQC/ |
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