TBSignatureProfiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.TBSignatureProfiler

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见TBSignatureProfiler．

利用TB路径签名分析RNA-Seq数据

Bioconductor版本:3.13

结核病进展、结核病和其他结核病状态的基因特征在以前已经得到验证和发表。这个包聚合了已知的签名，并提供了计算工具，以便在其他数据集上使用这些签名。TBSignatureProfiler可以轻松地使用这些签名分析RNA-Seq数据，并包括常用的签名分析工具，包括ASSIGN, GSVA和ssGSEA。

作者:David Jenkins [aut]， Aubrey Odom [aut, cre]，王旭涛[aut]，赵悦[aut]， Christian Love [aut]， W. Evan Johnson [aut]

维护者:Aubrey Odom

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("TBSignatureProfiler")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“TBSignatureProfiler”)

超文本标记语言	R脚本	TBSignatureProfiler简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，软件
版本	1.4.11
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	分配(> = 1.23.1),GSVA，singscore、方法、ComplexHeatmap，RColorBrewer，ggplot2，S4Vectors，reshape2，ROCit，DESeq2，DT，刨边机，gdata，SummarizedExperiment，magrittr统计数据,rlang，BiocParallel，BiocGenerics
链接
建议	testthat，拼写，lintr，covr，knitr，rmarkdown，BiocStyle，闪亮的，circlize，脱字符号，dplyr，plyr，嫁祸于，股东价值分析，glmnet，randomForest，质量，类，e1071，pROC，HGNChelper
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfilerhttps://compbiomed.github.io/TBSignatureProfiler-docs/
BugReports	https://github.com/compbiomed/TBSignatureProfiler/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	TBSignatureProfiler_1.4.11.tar.gz
Windows二进制	TBSignatureProfiler_1.4.11.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	TBSignatureProfiler_1.4.11.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TBSignatureProfiler
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/TBSignatureProfiler
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TBSignatureProfiler/
软件包下载报告	下载数据