TADCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.TADCompare

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅TADCompare。

TADCompare:识别和描述微分TADs

Bioconductor版本:3.13

TADCompare R包旨在识别和描述微分拓扑关联域(TADs)多个高c之间联系矩阵。它包含函数寻找两个数据集之间的微分TADs,找到微分TADs随着时间的推移和识别共识TADs跨多个矩阵。需要所有的主要类型的嗝输入并返回简单、全面、易于分析的结果。

作者:凯伦Cresswell < cresswellkg vcu.edu >,米哈伊尔•Dozmorov <米哈伊尔。在vcuhealth.org dozmorov >

维护人员:凯伦Cresswell < cresswellkg vcu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“TADCompare”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“TADCompare”)

HTML	R脚本	基因本体论富集分析
HTML	R脚本	输入数据格式
HTML	R脚本	比较两个条件
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,FeatureExtraction,嗝,测序,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0)
进口	dplyr,PRIMME,集群,矩阵,magrittr,HiCcompare,ggplot2,tidyr,ggpubr,RColorBrewer,reshape2,cowplot
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,微基准测试,testthat,covr,pheatmap,rGREAT,SpectralTAD
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/TADCompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/TADCompare/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	TADCompare_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	TADCompare_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	TADCompare_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/TADCompare
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ TADCompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/TADCompare/
包下载报告	下载数据