此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见SplicingGraphs.
Bioconductor版本:3.13
这个包允许用户基于给定生物的基因模型创建、操作和可视化拼接图及其气泡。此外,它允许用户将RNA-seq读取到一组拼接图的边缘,并以不同的方式总结它们。
作者:D. Bindreither, M. Carlson, M. Morgan, H. Pagès
维护人员:H. Pagès
引文(从R内,输入引用(“SplicingGraphs”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SplicingGraphs")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“SplicingGraphs”)
R脚本 | 拼接图和RNA-seq数据 | |
参考手册 |
biocViews | AlternativeSplicing,注释,DataRepresentation,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录,可视化 |
版本 | 1.32.0 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(8.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | GenomicFeatures(> = 1.17.13),GenomicAlignments(> = 1.1.22),Rgraphviz(> = 2.3.7) |
进口 | 方法,utils,图形,igraph,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.17.5),BiocParallel,IRanges(> = 2.21.2),GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.23.21),GenomicFeatures,Rsamtools,GenomicAlignments,图,Rgraphviz |
链接 | |
建议 | igraph,Gviz,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RUnit |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs |
BugReports | https://github.com/Bioconductor/SplicingGraphs/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SplicingGraphs_1.32.0.tar.gz |
Windows二进制 | SplicingGraphs_1.32.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | SplicingGraphs_1.32.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SplicingGraphs |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SplicingGraphs |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs/ |
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