SpidermiR

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpidermiR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SpidermiR。

SpidermiR: R / Bioconductor包与microrna的综合网络分析数据

Bioconductor版本:3.13

SpidermiR的目的是:我从GeneMania)促进开放获取网络数据检索数据,2)准备的数据使用适当的基因命名法,3)集成的microrna的数据在一个特定的网络,(四)提供不同的标准分析和v)允许用户可视化结果。的包提供了多种方法详细查询,准备和下载网络数据(GeneMania)和集成验证和预测microrna的数据(mirWalk miRTarBase,德娄·米兰多拉,米兰达,PicTar和TargetScan)。此外,我们还提出一个统计测试来确定使用gene-drug pharmaco-mir关系派生DGIdb和斗牛士数据库的交互。

作者:克劳迪娅静脉Antonio Colaprico Alex Graudenzi Gloria Bertoli,蒂亚戈席尔瓦,Catharina奥尔森,Houtan Noushmehr,蒋禄卡波特米,伊莎贝拉吉安卡洛毛里,卡斯蒂格利奥尼

维护人员:克劳迪娅静脉<克劳迪娅。静脉在ibfm.cnr.it >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpidermiR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpidermiR”)

HTML	R脚本	使用SpidermiR包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation,网络,软件,microrna的
版本	1.22.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.0.0)
进口	httr,igraph,跑龙套,统计数据,miRNAtap,miRNAtap.db,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,ggplot2,gridExtra,gplotsgrDevices,晶格,latticeExtra,visNetwork,TCGAbiolinks,gdata,MAGeCKFlute,networkD3
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,devtools,roxygen2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/claudiacava/SpidermiR
BugReports	https://github.com/claudiacava/SpidermiR/issues
取决于我
进口我	StarBioTrek
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpidermiR_1.22.1.tar.gz
Windows二进制	SpidermiR_1.22.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	SpidermiR_1.22.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpidermiR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpidermiR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpidermiR/
包下载报告	下载数据