SpatialCPie

DOI:10.18129 / B9.bioc.SpatialCPie

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SpatialCPie。

空间转录组数据的聚类分析

Bioconductor版本:3.13

SpatialCPie R包旨在促进集群评价空间转录组数据通过提供直观的可视化显示集群之间的关系,以指导用户在集群标识和其他下游应用程序。包是围绕着一个闪亮的“小玩意”,允许勘探的数据并行多个情节和交互式UI。用户可以很容易地切换不同集群决议以选择最适当的视觉线索。

作者:约瑟夫Bergenstraahle (aut (cre)

维护人员:约瑟夫Bergenstraahle <约瑟夫。在gmail.com bergenstrahle >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SpatialCPie”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SpatialCPie”)

HTML	R脚本	SpatialCPie
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,RNASeq,软件,转录组
版本	1.8.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	色彩(> = 1.3 - 2),data.table(> = 1.12.2),消化(> = 0.6.21),dplyr(> = 0.7.6),ggforce(> = 0.3.0),ggiraph(> = 0.5.0),ggplot2(> = 3.0.0),ggrepel(> = 0.8.0)、网格(> = 3.5.1),igraph(> = 1.2.2),lpSolve(> = 5.6.13)、方法(> = 3.5.0),purrr(> = 0.2.5),readr(> = 1.1.1),rlang(> = 0.2.2),闪亮的(> = 1.1.0),shinycssloaders(> = 0.2.0),shinyjs(> = 1.0),shinyWidgets(> = 0.4.8),数据(> = 3.6.0),SummarizedExperiment(> = 1.10.1),宠物猫(> = 1.4.2),tidyr(> = 0.8.1),tidyselect(> = 0.2.4)、工具(> = 3.6.0),跑龙套(> = 3.5.0),zeallot(> = 0.1.0)
链接
建议	BiocStyle(> = 2.8.2),jpeg(> = 0.1 8),knitr(> = 1.20),rmarkdown(> = 1.10),testthat(> = 2.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SpatialCPie_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	SpatialCPie_1.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SpatialCPie_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SpatialCPie
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SpatialCPie
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SpatialCPie/
包下载报告	下载数据