SimFFPE

DOI:10.18129 / B9.bioc.SimFFPE

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SimFFPE。

总会读模拟器FFPE组织

Bioconductor版本:3.13

从FFPE捷(下一代测序)读取(Formalin-Fixed石蜡包埋)样品含有大量工件嵌合读取(acr),这可能导致假阳性结构变体调用。这些acr来源于两个单链DNA的结合(ss-DNA)较短的片段反向互补的区域(SRCRs)。这个包模拟这些工件嵌合读取以及正常读取FFPE样品在整个基因组染色体数/大地区。

作者:拉妮魏(aut (cre)

维护人员:拉妮魏<拉妮。魏在uni-muenster.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SimFFPE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SimFFPE”)

PDF	R脚本	介绍SimFFPE
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,DataImport,MultipleComparison,SequenceMatching,测序,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	Biostrings
进口	dplyr,foreach,doParallel,truncnorm,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools、并行、图形、数据、跑龙套、方法
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SimFFPE_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	SimFFPE_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SimFFPE_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SimFFPE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SimFFPE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SimFFPE/
包下载报告	下载数据