SigsPack

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigsPack

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见SigsPack

单样本的突变特征估计

Bioconductor版本:3.13

突变特征暴露的单样本估计。基于二次规划算法,估计单个样本对已知突变特征的暴露。引导输入突变目录提供了对这些暴露的稳定性的估计。通过标准化目录,可以考虑突变上下文序列组成的影响。

作者:Franziska Schumann < Franziska。舒曼在student.hpi.de>

维护者:Franziska Schumann < Franziska。舒曼在student.hpi.de>

引文(从R内,输入引用(“SigsPack”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SigsPack")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SigsPack”)

超文本标记语言 R脚本 SigsPack简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews BiomedicalInformaticsDNASeq单核苷酸多态性软件SomaticMutationVariantAnnotation
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6)
进口 quadprog(>= 1.5-5),方法BiobaseBSgenome(> = 1.46.0),VariantAnnotation(> = 1.24.5),BiostringsGenomeInfoDbGenomicRangesrtracklayerSummarizedExperiment,图形,统计,效用
链接
建议 IRangesBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/bihealth/SigsPack
BugReports https://github.com/bihealth/SigsPack/issues
全靠我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SigsPack_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 SigsPack_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) SigsPack_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SigsPack
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SigsPack
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SigsPack/
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