SigsPack

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigsPack

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见SigsPack。

单样本的突变特征估计

Bioconductor版本:3.13

突变特征暴露的单样本估计。基于二次规划算法，估计单个样本对已知突变特征的暴露。引导输入突变目录提供了对这些暴露的稳定性的估计。通过标准化目录，可以考虑突变上下文序列组成的影响。

作者:Franziska Schumann < Franziska。舒曼在student.hpi.de>

维护者:Franziska Schumann < Franziska。舒曼在student.hpi.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SigsPack")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SigsPack”)

超文本标记语言	R脚本	SigsPack简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，DNASeq，单核苷酸多态性，软件，SomaticMutation，VariantAnnotation
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)
进口	quadprog(>= 1.5-5)，方法Biobase，BSgenome(> = 1.46.0),VariantAnnotation(> = 1.24.5),Biostrings，GenomeInfoDb，GenomicRanges，rtracklayer，SummarizedExperiment，图形，统计，效用
链接
建议	IRanges，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bihealth/SigsPack
BugReports	https://github.com/bihealth/SigsPack/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SigsPack_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SigsPack_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SigsPack_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SigsPack
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SigsPack
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SigsPack/
软件包下载报告	下载数据