SigCheck

DOI:10.18129 / B9.bioc.SigCheck

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见SigCheck

对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据,检查基因特征的预后性能

Bioconductor版本:3.13

虽然基因签名经常被用于预测表型(例如预测癌症患者的预后),但并不总是清楚它们有多理想或有意义(参见David Venet, Jacques E. Dumont和Vincent Detours的论文“大多数随机基因表达签名与乳腺癌结局显著相关”)。根据该论文中的建议,SigCheck接受一个数据集(作为一个ExpressionSet)和一个基因签名,并将其在生存和/或分类任务中的表现与a)相同长度的随机基因签名进行比较;B)已知的、相关的和不相关的基因特征;c)打乱的数据和/或元数据。

作者:Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>而且Justin Norden

维护者:Rory Stark < Rory。Stark在cruk.cam.ac.uk>

引文(从R内,输入引用(“SigCheck”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SigCheck")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes(“SigCheck”)

PDF R脚本 用SigCheck检查随机和已知的基因表达签名
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类GeneExpressionGeneSetEnrichment软件
版本 2.24.0
在Bioconductor bio3.0 (R-3.1)(7年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.2.0),MLInterfacesBiobasee1071BiocParallel生存
进口 图形,统计,utils,方法
链接
建议 BiocStylebreastCancerNKIqusage
SystemRequirements
增强了
URL
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SigCheck_2.24.0.tar.gz
Windows二进制 SigCheck_2.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) SigCheck_2.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SigCheck
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SigCheck
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SigCheck/
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