SeqGate

DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqGate

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SeqGate。

过滤低表达的功能

Bioconductor版本:3.13

过滤低表达的特性(如基因)是一种常见的步骤在执行统计分析之前,但通常任意阈值选择。SeqGate合理化这一步骤的实现方法分析用于计数的复制样品。门上面的阈值,排序功能可以被认为是自信地量化。

作者:Christelle雷恩(aut),斯蒂芬妮Rialle (aut (cre)

维护人员:斯蒂芬妮Rialle <斯蒂芬妮。在mgx.cnrs.fr rialle >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SeqGate”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SeqGate”)

HTML	R脚本	SeqGate:滤波器低表达特性
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,软件,转录组
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL (> = 2.0)
取决于	S4Vectors,SummarizedExperiment,GenomicRanges
进口	统计数据、方法BiocManager
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),刨边机,BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/srialle/SeqGate/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SeqGate_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	SeqGate_1.2.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SeqGate_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqGate
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqGate
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SeqGate/
包下载报告	下载数据