SIMLR

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIMLR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SIMLR。

单细胞通过Multi-kernel解释学习(SIMLR)

Bioconductor版本:3.13

单细胞RNA-seq技术使高通量基因表达测定单个细胞,并允许细胞群内非均质性的发现。测量细胞间基因表达的相似性识别至关重要,可视化和分析细胞群。然而,单细胞基因表达数据引入挑战传统的措施相似,因为高水平的噪音,异常值和辍学。我们开发一种新型similarity-learning框架,SIMLR(单细胞通过Multi-kernel解释学习),学习一个适当的距离度量的数据降维,集群和可视化。

作者:丹尼尔Ramazzotti (cre, aut)王薄(aut),卢卡·德·佐(aut),Serafim Batzoglou(施)

维修工:卢卡·德·佐< luca.desano gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SIMLR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SIMLR”)

PDF	R脚本	单细胞通过Multi-kernel解释学习(\ Biocpkg {SIMLR})
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	平行,矩阵、统计数据、方法Rcpp,pracma,RcppAnnoy,RSpectra
链接	Rcpp
建议	BiocGenerics,BiocStyle,testthat,knitr,igraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR
BugReports	https://github.com/BatzoglouLabSU/SIMLR
取决于我
进口我	SingleCellSignalR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SIMLR_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	SIMLR_1.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	SIMLR_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIMLR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SIMLR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SIMLR/
包下载报告	下载数据