SICtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.SICtools

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SICtools。

找到SNV / Indel差异附近两个bam文件之间的关系

Bioconductor版本:3.13

这个包是找到SNV / Indel附近两个bam文件之间的差异与关系的一种方式两两比较thourgh每个基地位置在感兴趣的基因组区域。费舍尔的区别是推断测试和欧几里得距离,输入的是基地数(A、T、G、C)在一个特定的位置和读计数indels跨不少于2 bp indel两岸地区。

作者:Xiaobin兴吴魏

维护人员:Xiaobin兴< xiaobinxing0316 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SICtools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SICtools”)

PDF	R脚本	使用SICtools
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,报道,DataImport,质量控制,单核苷酸多态性,SequenceMatching,测序,软件,VariantDetection
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R(> = 3.0.0)、方法Rsamtools(> = 1.18.1),doParallel(> = 1.0.8),Biostrings(> = 2.32.1),stringr(> = 0.6.2),matrixStats(> = 0.10.0),plyr(> = 1.8.3),GenomicRanges(> = 1.22.4),IRanges(> = 2.4.8)
进口
链接
建议	knitr,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SICtools_1.22.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	SICtools_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SICtools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SICtools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SICtools/
包下载报告	下载数据