SEtools

DOI:10.18129 / B9.bioc.SEtools

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SEtools。

为处理SummarizedExperiment SEtools:工具

Bioconductor版本:3.13

这包括一套工具来处理SummarizedExperiment类,包括合并、融化、聚合和绘图功能。特别是SEtools为策划提供了一个简单的接口从SE对象复杂的热图。

作者:Pierre-Luc日尔曼(cre, aut)

维护人员:Pierre-Luc日尔曼< Pierre-Luc。日尔曼在hest.ethz.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SEtools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SEtools”)

HTML	R脚本	SEtools
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,软件,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 4.0)
进口	S4Vectors,SummarizedExperiment,data.table,系列化,ComplexHeatmap,circlize、方法、BiocParallel,randomcoloR,刨边机,openxlsx,股东价值分析统计数据,DESeq2,矩阵、网格
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,ggplot2,pheatmap
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/plger/SEtools
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SEtools_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SEtools_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SEtools_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SEtools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SEtools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SEtools/
包下载报告	下载数据