SBGNview

DOI:10.18129 / B9.bioc.SBGNview

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SBGNview。

“SBGNview:数据分析、整合和可视化SBGN通路”

Bioconductor版本:3.13

SBGNview visalization是基于通路的工具集数据,整合和分析。SBGNview相似和互补Pathview广泛使用,具有以下主要特点:1。广泛采用系统生物学途径定义的图形符号(SBGN);2。支持多个主要途径除了KEGG数据库(Reactome、MetaCyc SMPDB,豹,METACROP)和用户定义的路径;3所示。占地5200引用默认路径和超过3000种;4所示。广泛的图形控件,包括字形和边缘属性图布局和sub-pathway突出;5。 SBGN pathway data manipulation, processing, extraction and analysis.

作者:小希盾*,Kovidh Vegesna *, Weijun罗

维护人员:Weijun罗< luo_weijun yahoo.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SBGNview”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SBGNview”)

HTML	R脚本	使用SBGNview通路分析基因集
HTML	R脚本	快速启动SBGNview
HTML	R脚本	SBGNview功能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneTarget,遗传学,GraphAndNetwork,代谢组学,微阵列,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 3.6),pathview,SBGNview.data
进口	RdpackgrDevices,方法,属性,跑龙套,xml2,rsvg,igraph,rmarkdown,knitr,SummarizedExperiment,AnnotationDbi,httr,KEGGREST,bookdown
链接
建议	testthat,计
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/datapplab/SBGNview
BugReports	https://github.com/datapplab/SBGNview/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SBGNview_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	SBGNview_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SBGNview_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SBGNview
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SBGNview/
包下载报告	下载数据