RnBeads

DOI:10.18129 / B9.bioc.RnBeads

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RnBeads。

RnBeads

Bioconductor版本:3.13

RnBeads促进综合分析各类在基因组DNA甲基化数据规模。

作者:亚森Assenov (aut) Christoph烈性黑啤酒(aut) Pavlo Lutsik (aut),迈克尔·谢勒(aut),费边穆勒(aut (cre)

维修工:费边穆勒<团队在rnbeads.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RnBeads”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RnBeads”)

PDF	R脚本	综合与RnBeads DNA甲基化分析
PDF	R脚本	RnBeads注释
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect,CpGIsland,DNAMethylation,DataImport,DifferentialMethylation,表观遗传学,ImmunoOncology,MethylSeq,MethylationArray,预处理,质量控制,测序,软件,TwoChannel
版本	2.10.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.0.0),BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.9.25),GenomicRanges,质量,集群,ff,字段,ggplot2(> = 0.9.2),gplots,gridExtra,limma,matrixStats、方法、illuminaio,methylumi,plyr
进口	IRanges
链接
建议	类别,GOstats,Gviz,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,RPMMRefFreeEWAS,RnBeads.hg19,RnBeads.mm9,XML,注释,biomaRt,foreach,doParallel,ggbio,isva,mclust,mgcv,minfi,nlme,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,quadprog,rtracklayer,qvalue,股东价值分析,西瓜,wordcloud,qvalue,argparse,glmnet,很高兴,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,尺度,missMethyl,嫁祸于,闪亮的,shinyjs,plotrix,hexbin,RUnit,MethylSeekR,芝麻
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	MAGAR
进口我
建议我	RnBeads.hg19,RnBeads.hg38,RnBeads.mm10,RnBeads.mm9,RnBeads.rn5
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RnBeads_2.10.0.tar.gz
Windows二进制	RnBeads_2.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	RnBeads_2.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RnBeads
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RnBeads
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RnBeads/
包下载报告	下载数据