Rhtslib

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rhtslib

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rhtslib。

图书馆作为R包HTSlib高通量测序

Bioconductor版本:3.13

这个包提供的1.7版本的HTSlib C库高通量序列分析。包主要是有用的其他开发者希望利用HTSlib R包。bob电竞体育官网动机和使用说明的这个包的装饰图案,装饰图案(包=“Rhtslib”、“Rhtslib”)。

作者:纳撒尼尔·海登(领导,aut),马丁•摩根(aut) Bioconductor包维护者(cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rhtslib”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rhtslib”)

HTML	R脚本	动机和Rhtslib的使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,测序,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6.5年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于
进口	zlibbioc
链接	zlibbioc
建议	BiocStyle,knitr
SystemRequirements	libbz2 & liblzma & libcurl(头文件),GNU
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rhtslibhttp://www.htslib.org/
BugReports	https://github.com/Bioconductor/Rhtslib/issues
取决于我
进口我	deepSNV,diffHic,maftools,scPipe
建议我
我的链接	ArrayExpressHTS,bamsignals,BitSeq,csaw,deepSNV,DiffBind,diffHic,h5vc,maftools,methylKit,podkat,qrqc,QuasR,Rfastp,Rsamtools,scPipe,seqbias,ShortRead,TransView,VariantAnnotation
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rhtslib_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	Rhtslib_1.24.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Rhtslib_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rhtslib
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rhtslib
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rhtslib/
包下载报告	下载数据