此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见RegEnrich.
Bioconductor版本:3.13
该软件包是识别生物过程中关键基因调节器的管道,例如在细胞分化和刺激后的细胞发育中。在这个过程中有四个主要步骤:(1)差异表达分析;(2)调节器-目标网络推理;(3)富集分析;以及(4)监管机构评分和排名。
作者:陶未扬[cre, aut], Aridaman Pandit [aut]
维护者:Tao未央
引文(从R内,输入引用(“RegEnrich”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“RegEnrich”)
超文本标记语言 | R脚本 | RegEnrich基因调节器富集 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,FunctionalPrediction,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneTarget,网络,NetworkEnrichment,NetworkInference,RNASeq,软件,转录,转录组,TwoChannel |
版本 | 1.2.0 |
在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(1年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R (>= 4.0.0),S4Vectors,dplyr,宠物猫,BiocSet,SummarizedExperiment |
进口 | randomForest,fgsea,剂量,BiocParallel,DESeq2,limma,WGCNA,ggplot2(>= 2.2.0),reshape2,magrittr |
链接 | |
建议 | GEOquery,rmarkdown,knitr,BiocManager,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | RegEnrich_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | RegEnrich_1.2.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | RegEnrich_1.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RegEnrich |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RegEnrich |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RegEnrich/ |
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