RcisTarget

DOI:10.18129 / B9.bioc.RcisTarget

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RcisTarget。

RcisTarget识别转录因子结合主题丰富的基因或基因组区域

Bioconductor版本:3.13

RcisTarget识别转录因子结合主题(TFBS)安置在一个基因列表。在第一步,RcisTarget选择DNA图案的席位在转录起始站点的环境(TSS)基因的基因簇。这是通过使用一个数据库,其中包含全基因组跨物种为每个主题的排名。TFs的图案,然后注释和规范化的高浓缩的分数(NES)被保留。最后,对于每个主题和基因簇,RcisTarget预测候选靶基因(即基因的基因片段的排名高于前缘)。

作者:Sara Aibar,哥特Hulselmans, Aerts斯坦。计算生物学的实验室。VIB-KU鲁汶大脑与疾病研究中心。比利时鲁汶

维护人员:莎拉Aibar <萨拉。在kuleuven.vib.be aibar >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RcisTarget”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	RcisTarget——regiions
HTML	R脚本	RcisTarget——背景
HTML	R脚本	RcisTarget:转录因子结合主题浓缩
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GeneTarget,MotifAnnotation,软件,转录,转录组
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AUCell(> = 1.1.6),BiocGenerics,data.table,羽毛、图形、GenomeInfoDb,GenomicRanges,箭头(> = 2.0.0),dplyr,宠物猫,GSEABase、方法、R.utils统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	Biobase,BiocStyle,BiocParallel,doParallel,DT,foreach,gplots,rtracklayer,igraph,knitr,RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp,rmarkdown,testthat,visNetwork
SystemRequirements
增强了	doMC,doRNG,动物园
URL	http://scenic.aertslab.org
BugReports	https://github.com/aertslab/RcisTarget/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RcisTarget_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	RcisTarget_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	RcisTarget_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RcisTarget
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RcisTarget
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RcisTarget/
包下载报告	下载数据