RaggedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.RaggedExperiment

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RaggedExperiment。

表示的稀疏的实验和分析样本

Bioconductor版本:3.13

这个包提供了一个灵活的拷贝数,突变和其他数据,适合粗糙的数组模式基因组的位置数据。的基本表示这些数据提供了一个矩形平面表界面给用户范围信息的行和列样品/样本。

作者:马丁•摩根(aut (cre)马塞尔•拉莫斯(aut)

维修工:马丁·摩根<马丁。摩根在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RaggedExperiment”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RaggedExperiment”)

HTML	R脚本	RaggedExperiment
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation,基础设施,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0),GenomicRanges(> = 1.37.17)
进口	BiocGenerics,GenomeInfoDb,IRanges,矩阵,MatrixGenerics、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,MultiAssayExperiment
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/RaggedExperiment/issues
取决于我	CNVRanger,compartmap
进口我	cBioPortalData,omicsPrint,RTCGAToolbox,TCGAutils
建议我	curatedTCGAData,maftools,MultiAssayExperiment,MultiDataSet,SingleCellMultiModal
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RaggedExperiment_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	RaggedExperiment_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	RaggedExperiment_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RaggedExperiment
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RaggedExperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RaggedExperiment/
包下载报告	下载数据