RadioGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.RadioGx

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见RadioGx

大规模无线电基因组数据分析

Bioconductor版本:3.13

用于放射基因组分析的计算工具箱,集成了数百种癌细胞系的放射响应数据、放射生物学建模和综合细胞系注释。“RadioSet”类可以创建和操作标准化数据集,包括关于癌细胞系、放射反应测定和剂量反应指标的信息。所包含的方法允许使用已建立的放射生物学模型拟合和绘制剂量-反应数据,并进行质量控制以验证结果。还包括与拟合和绘制剂量反应曲线、量化统计相关性和计算曲线下面积(AUC)或生存分数(SF)相关的附加功能。欲了解更多详细信息,请参阅所附文档、参考文献以及:Manem, V. et al (2018)

作者:Venkata Manem [aut], Petr Smirnov [aut], Ian Smith [aut], Meghan Lambie [aut], Christopher Eeles [aut], Scott Bratman [aut], Benjamin Haibe-Kains [aut, cre]

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

引文(从R内,输入引用(“RadioGx”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RadioGx")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“RadioGx”)

超文本标记语言 R脚本 RadioGx:用于分析大型放射基因组数据集的R包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类遗传药理学药物基因组学质量控制软件生存
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(1年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 4.1),CoreGx
进口 SummarizedExperimentS4VectorsBiobase平行,BiocParallelRColorBrewercaToolsmagicaxis、方法、reshape2尺度, grDevices,图形,统计,utils,为了matrixStats下载器
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建议 rmarkdownBiocStyleknitr老鸨减价
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 RadioGx_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 RadioGx_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) RadioGx_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RadioGx
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RadioGx
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RadioGx/
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