RUVSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.RUVSeq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RUVSeq。

从RNA-Seq数据删除不需要的变化

Bioconductor版本:3.13

RUV)这个包实现了删除不需要的变化(政府Risso et al .(2014)方法的规范化RNA-Seq读计数之间的样本。

作者:大卫Risso (aut、cre cph], Sandrine Dudoit (aut)曾淡水沼泽(施),卡米尔Slowikowski(施)

维护人员:大卫Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RUVSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RUVSeq”)

PDF	R脚本	从RNA-Seq数据RUVSeq:删除不需要的变化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,软件
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase,EDASeq(> = 1.99.1),刨边机
进口	方法,质量
链接
建议	BiocStyle,knitr,RColorBrewer,zebrafishRNASeq,DESeq2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/RUVSeq
BugReports	https://github.com/drisso/RUVSeq/issues
取决于我	rnaseqGene
进口我	consensusDE,ribosomeProfilingQC,司康饼
建议我	DEScan2
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RUVSeq_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	RUVSeq_1.26.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	RUVSeq_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RUVSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RUVSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RUVSeq/
包下载报告	下载数据