RTNsurvival

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTNsurvival

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RTNsurvival。

生存分析使用转录网络推断的研制方案

Bioconductor版本:3.13

RTNsurvival是集成的工具生成的调节子研制与生存包信息。对于一个给定的调节子,2-tailed GSEA方法计算微分浓缩得分(dES)为每个单独的样本,然后所有样本的dES分布用于评估群体的生存数据。有两个主要的生存分析工作流:Cox比例风险模型方法用于调节子作为生存时间的预测,和kaplan meier的分层分析评估基于调节子群活动。所有的情节都可以调整到用户的规范。

作者:克拉丽斯美国顶尖费尼恰加斯,毛罗·a·a·卡斯特罗

维护人员:克拉丽斯顶尖<战士。顶尖gmail.com >、< mauro.a毛罗·a·a·卡斯特罗。卡斯特罗在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RTNsurvival”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“RTNsurvival”)

HTML	R脚本	RTNsurvival:多元的生存分析使用转录网络和调节子。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,NetworkEnrichment,NetworkInference,软件,生存
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.3),研制(> = 2.14.1),RTNduals(> = 1.14.1)方法
进口	生存,RColorBrewergrDevices图形,统计,跑龙套,尺度,data.table,蛋,ggplot2,pheatmap,dunn.test
链接
建议	Fletcher2013b,knitr,rmarkdown,BiocStyle,RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RTNsurvival_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	RTNsurvival_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	RTNsurvival_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTNsurvival
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RTNsurvival
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTNsurvival/
包下载报告	下载数据