RSVSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.RSVSim

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RSVSim

RSVSim: R / Bioconductor方案模拟的结构性变化

Bioconductor版本:3.13

RSVSim方案模拟的删除,插入,各种大小的反演,串联重复和易位在任何基因组作为FASTA-file或者BSgenome数据包可用。SV断点可以放置均匀横跨整个基因组,偏向于重复区域和地区高同源性(hg19)或用户提供的坐标。

作者:Christoph Bartenhagen

维护人员:Christoph Bartenhagen < c。在uni-koeln.de bartenhagen >

从内部引用(R,回车引用(“RSVSim”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RSVSim”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RSVSim”)

PDF R脚本 RSVSim: R / Bioconductor方案模拟的结构性变化
PDF 参考手册

细节

biocViews 测序,软件
版本 1.32.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(8.5年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (> = 3.0.0),Biostrings,GenomicRanges
进口 方法,IRanges,ShortRead
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,质量,rtracklayer
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 RSVSim_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 RSVSim_1.32.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) RSVSim_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RSVSim
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RSVSim
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/RSVSim/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网