RNASeqR

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNASeqR

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RNASeqR。

RNASeqR: R包自动双官能团RNA-Seq分析工作流

Bioconductor版本:3.13

这个R包是专为病例对照RNA-Seq分析(群)。有六个步骤:“RNASeqRParam S4对象创建”、“环境设置”、“质量评估”、“读取对齐和量化”,“能够微分分析”和“功能分析”。每一步都对应一个函数在这个包中。在运行功能,基本RNASeq分析将是很容易完成的。

作者:Kuan-Hao曹国伟

维修工:Kuan-Hao曹国伟< ntueeb05howard gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RNASeqR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RNASeqR”)

HTML	R脚本	RNA-Seq分析基于一个独立变量
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,聚类,DataImport,DifferentialExpression,ExperimentalDesign,FunctionalPrediction,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,基础设施,KEGG,归一化,通路,质量控制,RNASeq,测序,软件,可视化
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),ggplot2,pathview,刨边机、方法
进口	Rsamtools、工具、网状,舞会礼服,gridExtra,rafalib,FactoMineR,factoextra,corrplot,PerformanceAnalytics,reshape2,DESeq2,systemPipeR,systemPipeRdata,clusterProfiler,org.Hs.eg.db,org.Sc.sgd.db,stringr,pheatmapgrDevices图形,统计,跑龙套,剂量,Biostrings、并行
链接
建议	knitr,png、网格RNASeqRData
SystemRequirements	RNASeqR只支持Linux和macOS。不支持窗口。Python2强烈推荐。如果您的机器是Python3,确保“版本2”命令可用。
增强了
URL	https://github.com/HowardChao/RNASeqR
BugReports	https://github.com/HowardChao/RNASeqR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RNASeqR_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	RNASeqR_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RNASeqR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RNASeqR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RNASeqR/
包下载报告	下载数据