RCy3

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RCy3。

函数来访问和控制Cytoscape

Bioconductor版本:3.13

Vizualize、分析和探索网络使用Cytoscape通过r .你可以做什么用Cytoscape的图形用户界面,您现在可以与单个RCy3函数。

作者:亚历克斯·皮科(aut (cre),Muetze (aut),保罗•香农(aut)露丝Isserlin[所有],信心Pai[所有],茱莉亚Gustavsen[所有],格奥尔基Kolishovski[所有],Yihang鑫(施)

维护人员:亚历克斯Pico < Alex。pico gladstone.ucsf.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RCy3”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RCy3”)

HTML	R脚本	01。概述RCy3 ~ 25分钟
HTML	R脚本	02。Cytoscape和igraph ~ 5分钟
HTML	R脚本	03。Cytoscape和graphNEL ~ 5分钟
HTML	R脚本	04。导入数据~ 5分钟
HTML	R脚本	05。网络功能和可视化~ 15分钟
HTML	R脚本	06。癌症网络和数据~ 40分钟
HTML	R脚本	07年。标识符映射~ 20分钟
HTML	R脚本	08年。升级现有脚本~ 15分钟
HTML	R脚本	09年。Cytoscape NDEx ~ 20分钟
HTML	R脚本	10。~ 15分钟组节点
HTML	R脚本	11。自定义图形和标签~ 10分钟
HTML	R脚本	12。过滤网络~ 10分钟
HTML	R脚本	13。系统发育树~ 3分钟
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GraphAndNetwork,网络,软件,ThirdPartyClient,可视化
版本	2.12.4
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(6年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口	httr、方法、RJSONIO,XML跑龙套,BiocGenerics,igraph统计数据,图,R.utils,dplR,uchardet,胶水,RCurl,base64url,base64enc,IRkernel,RColorBrewer
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown
SystemRequirements	Cytoscape(> = 3.7.1),老年痴呆(> = 3.8.0)
增强了
URL	https://github.com/cytoscape/RCy3
BugReports	https://github.com/cytoscape/RCy3/issues
取决于我
进口我	categoryCompare,CeTF,fedup,MOGAMUN,NCIgraph,netDx,regutools,TimiRGeN,transomics2cytoscape
建议我	石墨,rScudo
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RCy3_2.12.4.tar.gz
Windows二进制	RCy3_2.12.4.zip
macOS 10.13(高山脉)	RCy3_2.12.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RCy3
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/
包下载报告	下载数据