这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅QuasR。
Bioconductor版本:3.13
这个包提供了一个框架的量化和分析短的读取。它涵盖了一个完整的工作流从原始序列读取,校准和质量控制图的创建,量化的基因组区域。
作者:安妮塔我们(aut),夏洛特Soneson (aut),Dimos Gaidatzis (aut),迈克尔·施(aut (cre)
维护人员:迈克尔Stadler <迈克尔。施在fmi.ch >
从内部引用(R,回车引用(“QuasR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“QuasR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“QuasR”)
HTML | R脚本 | 介绍QuasR |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,ChIPSeq,报道,遗传学,ImmunoOncology,MethylSeq,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 1.32.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.12 (r - 3.0)(8.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R(> = 4.0),并行,GenomicRanges,Rbowtie |
进口 | 方法、grDevices图形,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,BiocManager,Biobase,Biostrings,BSgenome,Rsamtools,GenomicFeatures,ShortRead,BiocParallel,GenomeInfoDb,rtracklayer,GenomicFiles,AnnotationDbi、工具 |
链接 | Rhtslib |
建议 | Gviz,BiocStyle,GenomicAlignments,Rhisat2,knitr,rmarkdown,covr,testthat |
SystemRequirements | GNU使 |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | SingleMoleculeFootprinting |
建议我 | eisaR |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | QuasR_1.32.0.tar.gz |
Windows二进制 | QuasR_1.32.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | QuasR_1.32.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QuasR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QuasR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/ |
包下载报告 | 下载数据 |