QDNAseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.QDNAseq

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅QDNAseq。

定量DNA测序染色体畸变

Bioconductor版本:3.13

定量DNA测序染色体畸变。基因组分为非重叠固定大小的箱子,每个数序列读取次数,调整同时二维黄土序列mappability校正和GC含量,和过滤去除虚假的基因组区域。下游步骤细分和调用的实现通过包DNAcopy CGHcall,分别。

作者:Ilari谢宁(aut),达乌德您(aut (cre),亨利克·本特松(aut),埃里克·冯·(施)

维护人员:达乌德您< d。您在vumc.nl >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“QDNAseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“QDNAseq”)

PDF	R脚本	介绍QDNAseq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,DNASeq,遗传学,GenomeAnnotation,预处理,质量控制,测序,软件
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(7.5年)
许可证	GPL
取决于	R (> = 3.1.0)
进口	图形、方法、统计跑龙套,Biobase(> = 2.18.0),CGHbase(> = 1.18.0),CGHcall(> = 2.18.0),DNAcopy(> = 1.32.0),GenomicRanges(> = 1.20),IRanges(> = 2.2),matrixStats(> = 0.54.0),R.utils(> = 2.9.0),Rsamtools(> = 1.20),未来(> = 1.14.0),future.apply(1.3.0 > =版本)
链接
建议	BiocStyle(> = 1.8.0),BSgenome(> = 1.38.0),消化(> = 0.6.20),GenomeInfoDb(> = 1.6.0),R.cache(> = 0.13.0),QDNAseq.hg19,QDNAseq.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ccagc/QDNAseq
BugReports	https://github.com/ccagc/QDNAseq/issues
取决于我	GeneBreak,QDNAseq.hg19,QDNAseq.mm10
进口我	王牌,biscuiteer,HiCcompare
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	QDNAseq_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	QDNAseq_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	QDNAseq_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QDNAseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ QDNAseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QDNAseq/
包下载报告	下载数据