Pigengene

DOI:10.18129 / B9.bioc.Pigengene

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见Pigengene．

从基因表达数据推断生物特征

Bioconductor版本:3.13

色素基因包提供了一种从基因表达谱推断生物特征的有效方法。签名独立于底层平台，例如，输入可以是微阵列或RNA Seq数据。它甚至可以使用来自一个平台的数据推断签名，并在另一个平台上评估它们。Pigengene利用共表达网络分析识别高共表达基因的模块(聚类)，总结特征基因中每个模块的生物学信息，学习建模模块间概率依赖关系的贝叶斯网络，并基于特征基因的表达构建决策树。

作者:Habil Zare, Amir Foroushani, Rupesh Agrahari, Meghan Short

维护者:Habil Zare < Zare at u.washington。edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“Pigengene”)

PDF	R脚本	色素基因:特征基因的计算和使用
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiomedicalInformatics，分类，聚类，DecisionTree，DimensionReduction，GeneExpression，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，网络，NetworkInference，归一化，PrincipalComponent，RNASeq，软件，SystemsBiology，转录组
版本	1.18.10
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 4.0.3)，图，BiocStyle(> = 2.18.1)
进口	bnlearn(> = 4.7),网(> = 0.1.2),质量，matrixStats，partykit，Rgraphviz，WGCNA，GO.db，嫁祸于，preprocessCore， grDevices，图形，统计，utils，并行，pheatmap(> = 1.0.8),dplyr，gdata
链接
建议	org.Hs.eg.db(> = 3.7.0),org.Mm.eg.db(> = 3.7.0),biomaRt(> = 2.30.0),knitr，AnnotationDbi，能源
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Pigengene_1.18.10.tar.gz
Windows二进制	Pigengene_1.18.10.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	Pigengene_1.18.10.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Pigengene
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Pigengene
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Pigengene/
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