这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PhosR。
Bioconductor版本:3.13
PhosR是一揽子comprenhensive phosphoproteomic数据的分析。PhosR有两个主要组件:下游处理和分析。PhosR由phosphoproteomics数据的各种处理工具包括滤波、归责,正常化和功能分析推断活跃激酶和信号通路。
作者:杨Pengyi (aut) Taiyun金(aut (cre),哈尼族Jieun金(aut)
维修工:Taiyun金< Taiyun。在gmail.com kim91 >
从内部引用(R,回车引用(“PhosR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PhosR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“PhosR”)
HTML | R脚本 | 介绍PhosR包 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | 蛋白质组学,ResearchField,软件 |
版本 | 1.2.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.12 (r - 4.0)(1年) |
许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.1.0) |
进口 | ruv,e1071,dendextend,limma,pcaMethods统计数据,RColorBrewer,circlize,dplyr,igraph,pheatmap,preprocessCore,tidyr,rlang、图形grDevices跑龙套,SummarizedExperiment、方法、S4Vectors,BiocGenerics,ggplot2,GGally,ggdendro,ggpubr,网络,reshape2,ggtext |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,rgl,系统网络体系结构(sna),线索,directPA,rmarkdown,org.Rn.eg.db,org.Mm.eg.db,reactome.db,注释,BiocStyle,stringr,校准 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | PhosR_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | PhosR_1.2.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | PhosR_1.2.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhosR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PhosR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/PhosR/ |
包下载报告 | 下载数据 |