PeacoQC

DOI:10.18129 / B9.bioc.PeacoQC

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PeacoQC。

Peak-based选择高质量的血细胞计数数据

Bioconductor版本:3.13

这是一个包,包括预处理和质量控制功能,可以消除边缘事件,补偿和转换数据,将使用PeacoQCSignalStability质量控制。最后一个函数将首先检测峰值flowframe每个通道的。它将删除异常基于IsolationTree函数和疯狂的孤立点检测方法。这个包可以用于质量流和血细胞计数数据。

作者:Annelies Emmaneel (aut (cre)

维护人员:Annelies Emmaneel < Annelies。在hotmail.com emmaneel >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PeacoQC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PeacoQC”)

HTML	R脚本	PeacoQC_Vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FlowCytometry,PeakDetection,预处理,质量控制,软件
版本	1.2.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0)
进口	circlize,ComplexHeatmap,flowCore,flowWorkspace,ggplot2、grDevices、网格gridExtra、方法、plyr统计,跑龙套
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/saeyslab/PeacoQC
BugReports	http://github.com/saeyslab/PeacoQC/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PeacoQC_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	PeacoQC_1.2.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	PeacoQC_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PeacoQC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PeacoQC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PeacoQC/
包下载报告	下载数据