Organism.dplyr

DOI:10.18129 / B9.bioc.Organism.dplyr

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Organism.dplyr。

dplyr-based Bioconductor注释资源的访问

Bioconductor版本:3.13

这个包提供了一种替代方法接口Bioconductor“注释”资源,尤其是基因标识符映射“org”包的功能(例如,org.Hs.eg.db)和基因组的协调功能的TxDb包(例如,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)。

作者:马丁•摩根(aut (cre)丹尼尔·范Twisk[所有],Yubo程(aut)

维修工:马丁·摩根<马丁。摩根在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Organism.dplyr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	Organism.dplyr
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细节

biocViews	注释,GenomeAnnotation,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4),dplyr(> = 0.7.0),AnnotationFilter(> = 1.1.3)
进口	RSQLite,S4Vectors,GenomeInfoDb,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,AnnotationDbi,rlang、方法、工具,跑龙套,BiocFileCache,DBI,dbplyr,宠物猫
链接
建议	org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,org.Mm.eg.db,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,testthat,knitr,rmarkdown,BiocStyle,ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	注释
进口我	Ularcirc
建议我
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包档案

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源包	Organism.dplyr_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	Organism.dplyr_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Organism.dplyr_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Organism.dplyr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Organism.dplyr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Organism.dplyr/
包下载报告	下载数据