OmaDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.OmaDB

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅OmaDB。

R OMA REST API包装器

Bioconductor版本:3.13

一个包从数据库OMA orthology预测数据的下载。

作者:美妙的Kaleb

维护人员:美妙的Kaleb <美妙。kaleb18 ic.ac。Adrian Altenhoff英国>,<艾德里安。在inf.ethz.ch altenhoff >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OmaDB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“OmaDB”)

HTML	R脚本	探索层次与OmaDB同源组
HTML	R脚本	探索与OmaDB分类树
HTML	R脚本	开始使用OmaDB
HTML	R脚本	序列映射OmaDB
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,ComparativeGenomics,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,去,遗传学,软件
版本	2.8.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5),httr(> = 1.2.1),plyr(> = 1.8.4)
进口	跑龙套,猿,Biostrings,GenomicRanges,IRanges、方法、topGO,jsonlite
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DessimozLab/OmaDB
BugReports	https://github.com/DessimozLab/OmaDB/issues
取决于我
进口我	PhyloProfile
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OmaDB_2.8.0.tar.gz
Windows二进制	OmaDB_2.8.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	OmaDB_2.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmaDB
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OmaDB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OmaDB/
包下载报告	下载数据