这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NoRCE。
Bioconductor版本:3.13
这些非蛋白虽然一些非编码rna基因被发现在生物过程发挥重要的监管作用,大多数仍在功能上无特征。这提出了一个挑战,每当一个有趣的组ncRNAs组需要在功能分析。记录位于附近的基因组是经常在一起的监管,这空间距离暗示功能关联。基于这个想法,我们提供了一个R包,NoRCE,执行给定组ncRNAs cis富集分析。浓缩是由使用的编码基因的功能注释位于输入ncRNAs检查。NoRCE允许合并等生物信息拓扑关联域(少量)地区,co-expression模式和microrna的目标信息。NoRCE库包括几个数据文件,如特定细胞系泰德区域,功能基因集,和癌症表达数据。此外,用户可以输入自定义数据文件。检索结果可以以表格格式或视为图。NoRCE目前可用于以下种类:人类,老鼠,老鼠,斑马鱼,果蝇、蠕虫和酵母。
作者:基尔德Olgun (aut (cre)
维护人员:基尔德Olgun <基尔德在cs.bilkent.edu.tr >
从内部引用(R,回车引用(“NoRCE”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NoRCE”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“NoRCE”)
HTML | R脚本 | 非编码RNA Cis注释和浓缩 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | BiologicalQuestion,DifferentialExpression,去,GeneSetEnrichment,GeneTarget,GenomeAnnotation,GenomeAssembly,软件 |
版本 | 1.4.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(1.5年) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.0) |
进口 | KEGGREST,png,dplyr、图形、RSQLite,DBI,tidyrgrDevices,S4Vectors,SummarizedExperiment,reactome.db,rWikiPathways,RCurl,dbplyr跑龙套,ggplot2,igraph统计数据,reshape2,readr,GO.db,zlibbioc,biomaRt,rtracklayer,IRanges,GenomicRanges,GenomicFeatures,AnnotationDbi |
链接 | |
建议 | knitr,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,testthat,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene,rmarkdown,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Hs.eg.db,org.Dr.eg.db,BiocGenerics,org.Sc.sgd.db,org.Ce.eg.db,org.Dm.eg.db、方法 |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/guldenolgun/NoRCE/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | NoRCE_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | NoRCE_1.4.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | NoRCE_1.4.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NoRCE |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NoRCE |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NoRCE/ |
包下载报告 | 下载数据 |