NetPathMiner

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetPathMiner

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见NetPathMiner

NetPathMiner用于生物网络构建,路径挖掘和可视化

Bioconductor版本:3.13

NetPathMiner是一个使用基因组规模网络进行网络路径挖掘的通用框架。它从KGML, SBML和BioPAX文件构建网络,提供三种网络表示,代谢,反应和基因表示。NetPathMiner查找活动路径,并应用机器学习方法总结发现的路径,以便于解释。它还提供了网络和路径的静态和交互式可视化,以帮助人工调查。

作者:Ahmed Mohamed < Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>, Tim Hancock , Takigawa一作< Takigawa at kuicr.kyoto-u.ac.jp>, Nicolas Wicker < Nicolas。柳条在unistra.fr>

维护者:Ahmed Mohamed < Mohamed at kuicr.kyoto-u.ac.jp>

引文(从R内,输入引用(“NetPathMiner”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“NetPathMiner”)

超文本标记语言 R脚本 NetPathMiner装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 分类聚类GraphAndNetwork网络通路软件
版本 1.28.0
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(7.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.0.2),igraph(> = 1.0)
进口
链接
建议 rBiopaxParser(> = 2.1),RCurlknitrrmarkdownBiocStyle
SystemRequirements libxml2, libSBML (>= 5.5)
增强了
URL https://github.com/ahmohamed/NetPathMiner
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 NetPathMiner_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 NetPathMiner_1.28.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) NetPathMiner_1.28.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetPathMiner
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NetPathMiner
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/NetPathMiner/
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