NADfinder

DOI:10.18129 / B9.bioc.NADfinder

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见NADfinder．

调用宽峰测序数据

Bioconductor版本:3.13

核仁是真核细胞细胞核内的重要结构。它是将rDNA转录成rRNA和组装核糖体的位点，也就是核糖体的生物发生。此外，核仁是许多蛋白质穿梭和接触特定的非rdna基因组位点的动态枢纽。与分离核仁相关的DNA (NAD- seq)的深度测序分析表明，特定的位点，称为核仁相关结构域(NADs)，与核仁形成频繁的三维关联。NAD-seq用于研究胚胎干细胞(ESC)分化过程中NAD的生物学功能和分布动态。在这里，我们开发了一个Bioconductor包NADfinder，用于nadseq数据的生物信息学分析，包括基线校正、平滑、归一化、峰值调用和注释。

作者:欧建宏，刘海波，于军，Hervé Pagès, Paul Kaufman，朱丽华Julie

维护者:欧建宏<建宏。ou at duke.edu>，朱丽华Julie Zhu < Julie。在umassmed.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“NADfinder”)

超文本标记语言	R脚本	NADfinder.html
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNASeq，GeneRegulation，PeakDetection，测序，软件
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，BiocGenerics，IRanges，GenomicRanges，S4Vectors，SummarizedExperiment
进口	图形、方法基线，信号，GenomicAlignments，GenomeInfoDb，rtracklayer，limma，trackViewer，统计，utils，Rsamtools，metap，EmpiricalBrownsMethod，ATACseqQC，corrplot，csaw
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，testthat，BiocManager，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	NADfinder_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	NADfinder_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	NADfinder_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NADfinder
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NADfinder
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NADfinder/
软件包下载报告	下载数据