MotifDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.MotifDb

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见MotifDb．

蛋白质- dna结合序列基序注释集

Bioconductor版本:3.13

来自14个公共来源的超过9900个注释的位置频率矩阵，用于多种生物。

作者:保罗·香农，马特·理查德

维护者:Paul Shannon

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MotifDb")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MotifDb”)

超文本标记语言	R脚本	pwm的集合
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MotifAnnotation，软件
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(9年)
许可证	artist -2.0 |文件许可证
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，Biostrings
进口	rtracklayer，splitstackshape
链接
建议	RUnit，seqLogo，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	generegulation，motifbreakR，trena
进口我	igvR，rTRMui
建议我	ATACseqQC，DiffLogo，模因，MMDiff2，motifcounter，motifStack，profileScoreDist，PWMEnrich，rTRM，TFutils，universalmotif，vtpnet
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MotifDb_1.34.0.tar.gz
Windows二进制	MotifDb_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MotifDb_1.34.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MotifDb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MotifDb
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MotifDb/
软件包下载报告	下载数据