MethylAid

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethylAid

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见MethylAid．

大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制

Bioconductor版本:3.13

一个使用RStudio闪亮的软件包的可视化和交互式web应用程序。使用阵列上的样本依赖和样本独立控制以及用户可调阈值来检测质量差的样本。利用阵列上存在的质量控制探针的几个交互式诊断图，可以对不良质量样品进行深入探测。此外，用户提供的任何批处理效应的影响都可以探索。

作者:Maarten van Iterson [aut, cre]， Elmar Tobi[ctb]， Roderick Slieker[ctb]， Wouter den Hollander[ctb]， Rene Luijk[ctb]和Bas Heijmans[ctb]

维护者:L.J. sinke

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MethylAid”)

PDF	R脚本	MethylAid: Illumina人类DNA甲基化阵列数据的可视化和交互式质量控制
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DNAMethylation，GUI，MethylationArray，微阵列，质量控制，软件，TwoChannel，可视化
版本	1.26.0
在Bioconductor	bio3.0 (R-3.1)(7年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)
进口	Biobase，BiocParallel，BiocGenerics，ggplot2、网格gridBase， grDevices，图形，hexbin，matrixStats，minfi(>= 1.22.0)，RColorBrewer，闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，MethylAidData，minfiData，minfiDataEPIC，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	MethylAidData
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MethylAid_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	MethylAid_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MethylAid_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethylAid
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethylAid
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethylAid/
软件包下载报告	下载数据