MetNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetNet

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MetNet。

从没有针对性高分辨率质谱数据推断的代谢网络

Bioconductor版本:3.13

MetNet包含功能代谢网络拓扑推断从定量数据和高分辨率质量/电荷信息。使用统计模型(包括相关性、互信息、回归和贝叶斯统计数据)和定量数据特性(强度值)邻接矩阵是推断,可以结合一个共识矩阵。质量/电荷之间的质量差异计算值的特性将匹配的数据帧提供质量/电荷差异指转换酶的活动。第三步,两个级别的信息组合起来形成一个邻接矩阵推断从定量和结构信息。

作者:托马斯Naake (aut (cre) Liesa沙尔茨(施)

维护人员:托马斯Naake < thomasnaake googlemail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MetNet”)

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文档

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browseVignettes (“MetNet”)

HTML	R脚本	高分辨率的代谢组学数据的工作流
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文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,网络,回归,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(3年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 4.0),S4Vectors(> = 0.28.1),SummarizedExperiment(> = 1.20.0)
进口	bnlearn(> = 4.3),BiocParallel(> = 1.12.0),dplyr(> = 1.0.3),ggplot2(> = 3.3.3),Hmisc(> = 4.4 - 2),GENIE3(> = 1.7.0)、方法(> = 3.5),mpmi(> = 0.42),parmigene(> = 1.0.2中),ppcor(> = 1.1),rlang(> = 0.4.10),系统网络体系结构(sna)(> = 2.4),刺穿了(> = 0.6),数据(> = 3.6),宠物猫(> = 3.0.5),tidyr(> = 1.1.2)
链接
建议	BiocGenerics(> = 0.24.0),BiocStyle(> = 2.6.1),glmnet-18年(> = 2.0),igraph(> = 1.1.2),knitr(> = 1.11),rmarkdown(> = 1.15),testthat(> = 2.2.1)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MetNet_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	MetNet_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	MetNet_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetNet
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MetNet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetNet/
包下载报告	下载数据