MSstatsPTM

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsPTM

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MSstatsPTM。

统计描述的转录后修饰

Bioconductor版本:3.13

MSstatsPTM提供一般统计方法定量描述的转录后修饰(天车)。支持银两,DIA,串联质量标签(TMT)标签。通常情况下,量化的分析包括天车网站(即。,modified residues) and their corresponding proteins, as well as the integration of the quantification results. MSstatsPTM provides functions for summarization, estimation of PTM site abundance, and detection of changes in PTMs across experimental conditions.

作者:德文郡科勒(aut (cre) Tsung-Heng蔡(aut) Ting黄(aut) Mateusz Staniak (aut)之一Meena崔(aut),奥尔加Vitek (aut)

维护人员:德文郡科勒<科勒。d: northeastern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MSstatsPTM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MSstatsPTM”)

HTML	R脚本	MSstatsPTM LabelFree工作流
HTML	R脚本	MSstatsPTM TMT工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,OneChannel,蛋白质组学,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.2.4
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	dplyr,gridExtra,stringr统计数据,ggplot2grDevices,MSstatsTMT,MSstatsConvert,MSstats,data.table,Rcpp,Biostrings,使彻底失败,ggrepel
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,tinytest,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsPTM/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSstatsPTM_1.2.4.tar.gz
Windows二进制	MSstatsPTM_1.2.4.zip
macOS 10.13(高山脉)	MSstatsPTM_1.2.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsPTM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSstatsPTM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsPTM/
包下载报告	下载数据