MSstatsLOBD

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSstatsLOBD

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MSstatsLOBD。

分析表征:布兰科(LoB)极限估计和检测极限(LOD)

Bioconductor版本:3.13

MSstatsLOBD包允许的极限的计算和可视化blac (LOB)和检测极限(LOD)。我们定义LOB的最高浓度明显肽预计当复制的空白样品不含肽测量。LOD被定义为测量浓度的值的概率,谎称自己没有肽的样品是0.05,0.05给出一个概率错误地声称它的存在。这些功能以前MSstats包的一部分。中描述的方法是Galitzine (2018) 。

作者:德文郡科勒(aut (cre) Mateusz Staniak (aut),西里尔Galitzine (aut)之一Meena崔(aut),奥尔加Vitek (aut)

维护人员:德文郡科勒<科勒。d: northeastern.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MSstatsLOBD”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MSstatsLOBD”)

HTML	R脚本	LOB / LOD评估工作流
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,归一化,OneChannel,蛋白质组学,质量控制,软件,TwoChannel
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.0)
进口	minpack.lm,ggplot2grDevices跑龙套,统计数据
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,covr,tinytest,dplyr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Vitek-Lab/MSstatsLODQ/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSstatsLOBD_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	MSstatsLOBD_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	MSstatsLOBD_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSstatsLOBD
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSstatsLOBD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSstatsLOBD/
包下载报告	下载数据