MMDiff2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMDiff2

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MMDiff2

统计测试ChIP-Seq数据集

Bioconductor版本:3.13

这个包检测读浓缩概要统计上显著的差异在不同ChIP-Seq样本。利用形状差异它使用内核方法(最大的差异,多党民主运动)。

作者:Gabriele Schweikert (cre, aut),大卫·郭(aut)

维护人员:Gabriele Schweikert < gschweik在staffmail.ed.ac.uk >

从内部引用(R,回车引用(“MMDiff2”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MMDiff2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MMDiff2”)

PDF R脚本 介绍MMDiff2方法
PDF 参考手册

细节

biocViews ChIPSeq,DifferentialPeakCalling,测序,软件
版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 3.3 (r - 3.3)(5.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.3),Rsamtools,Biobase
进口 GenomicRanges,locfit,BSgenome,Biostrings,闪亮的,ggplot2,RColorBrewer、图形、grDevices平行,S4Vectors、方法
链接
建议 MMDiffBamSubset,MotifDb,knitr,BiocStyle,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我 MMDiffBamSubset
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 MMDiff2_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 MMDiff2_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉) MMDiff2_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMDiff2
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MMDiff2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MMDiff2/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网