MMAPPR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMAPPR2

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MMAPPR2

分析管道汇集RNA-Seq变异映射

Bioconductor版本:3.13

MMAPPR2地图突变造成池从F2 RNA-seq数据交叉的遗传屏幕。它的前身是在基因组研究发表的一篇论文中描述(希尔et al . 2013年)。MMAPPR2接受对齐BAM文件和参考基因组作为输入,识别位点的序列差异之间的控制和突变体RNA序列,预测变量预测使用运用变异的影响效果,并输出候选人的排名列表突变。

作者:凯尔·约翰森(aut),纳撒尼尔·詹金斯(aut),乔纳森·希尔(cre)

乔纳森·希尔在byu.edu < jhill维护者:>

从内部引用(R,回车引用(“MMAPPR2”)):

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MMAPPR2”)

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文档

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细节

biocViews DNASeq,PooledScreens,RNASeq,软件,VariantDetection
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(2年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.6.0)
进口 ensemblVEP(> = 1.20.0),gmapR,Rsamtools,VariantAnnotation,BiocParallel,Biobase,BiocGenerics,dplyr,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,S4Vectors,tidyr,VariantTools,magrittr、方法、grDevices图形、统计、跑龙套,stringr,data.table
链接
建议 testthat,嘲笑,roxygen2,knitr,rmarkdown,BiocStyle,MMAPPR2data
SystemRequirements 运用,Samtools
增强了
URL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3613585/https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2
BugReports https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2/issues
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包档案

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源包 MMAPPR2_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉) MMAPPR2_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMAPPR2
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MMAPPR2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MMAPPR2/
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