MIGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.MIGSA

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见MIGSA．

海量整合基因集分析

Bioconductor版本:3.13

海量整合基因集分析。MIGSA包允许同时对多个表达和基因集进行大规模的综合基因集分析。它提供了一个通用的基因表达分析框架，给予全面和连贯的分析。仅需要最小的用户参数设置，即可通过最佳可用方法(分别为dEnricher和mGSZ)以综合方式进行奇异和基因集富集分析。这个大型组学数据工具的最大优点是提供了几个功能来探索、分析和可视化其结果，以促进对巨大信息源的数据挖掘任务。MIGSA包还提供了一些功能，可以方便地从多个存储库加载最新的基因集。

作者:胡安·c·罗德里格斯，克里斯托瓦尔·弗雷斯诺，安德里亚·s·莱拉和埃尔默·a·费尔南德斯

维护者:Juan C. Rodriguez

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MIGSA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MIGSA”)

PDF	R脚本	获取pbcmc数据集
PDF	R脚本	获取TCGA数据集
PDF	R脚本	海量整合基因集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，GeneSetEnrichment，KEGG，微阵列，RNASeq，软件，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.4)，方法，BiocGenerics
进口	AnnotationDbi，Biobase，BiocParallel编译器,data.table，刨边机，futile.logger，ggdendro，ggplot2，GO.db，GOstats，图，图形，grDevices，网格，GSEABase，ismev，jsonlite，limma，matrixStats，org.Hs.eg.db，RBGL，reshape2，Rgraphviz，统计，utils，素食主义者
链接
建议	BiocStyle，breastCancerMAINZ，breastCancerNKI，breastCancerTRANSBIG，breastCancerUNT，breastCancerUPP，breastCancerVDX，knitr，mGSZ，MIGSAdata，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/
BugReports	https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/issues
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进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MIGSA_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	MIGSA_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MIGSA_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MIGSA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MIGSA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MIGSA/
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