MIGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.MIGSA

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见MIGSA

海量整合基因集分析

Bioconductor版本:3.13

海量整合基因集分析。MIGSA包允许同时对多个表达和基因集进行大规模的综合基因集分析。它提供了一个通用的基因表达分析框架,给予全面和连贯的分析。仅需要最小的用户参数设置,即可通过最佳可用方法(分别为dEnricher和mGSZ)以综合方式进行奇异和基因集富集分析。这个大型组学数据工具的最大优点是提供了几个功能来探索、分析和可视化其结果,以促进对巨大信息源的数据挖掘任务。MIGSA包还提供了一些功能,可以方便地从多个存储库加载最新的基因集。

作者:胡安·c·罗德里格斯,克里斯托瓦尔·弗雷斯诺,安德里亚·s·莱拉和埃尔默·a·费尔南德斯

维护者:Juan C. Rodriguez

引文(从R内,输入引用(“MIGSA”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MIGSA")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MIGSA”)

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PDF R脚本 海量整合基因集分析
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文本 新闻

细节

biocViews GeneExpressionGeneSetEnrichmentKEGG微阵列RNASeq软件可视化
版本 1.16.0
在Bioconductor BioC 3.5 (R-3.4)(4.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R(>= 3.4),方法,BiocGenerics
进口 AnnotationDbiBiobaseBiocParallel编译器,data.table刨边机futile.loggerggdendroggplot2GO.dbGOstats,图形,grDevices,网格,GSEABaseismevjsonlitelimmamatrixStatsorg.Hs.eg.dbRBGLreshape2Rgraphviz,统计,utils,素食主义者
链接
建议 BiocStylebreastCancerMAINZbreastCancerNKIbreastCancerTRANSBIGbreastCancerUNTbreastCancerUPPbreastCancerVDXknitrmGSZMIGSAdataRUnit
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/
BugReports https://github.com/jcrodriguez1989/MIGSA/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MIGSA_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 MIGSA_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) MIGSA_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MIGSA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MIGSA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MIGSA/
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